在水質條件之較為清澈水體環境，可以採用岸邊直接觀察的方式，與直接利用手抄網作撈捕採集的方式，以避免敏感高的魚種，受到干擾而無法正確的調查記錄到。 建議本「岸邊觀察及手抄網採集」應適用於估計仔稚魚的群聚狀態，較為準確，並限制於水質清澈的水域中，特別在潭區淺水域與邊緣水體等。選定調查之水域之調查面積，至少要有2~3個潭區作觀察，可推算出仔稚魚出現總量與平均出現密度等(individuals/cm2)。 本方法缺點會對鯉科等高物種歧異度的類群，在直接觀察上，可能會造成魚種的誤判等問題。

可在水質條件較佳的清澈水體內，直接徒手浮潛觀察，以水下紀錄簿的方式記載，若是初學者應該要能夠使用水下攝影或錄影等記錄的方式，進行野外淡水魚類之調查及紀錄。以期能夠確保對於溪流淡水魚種野外鑑別的準確性。 建議本「浮潛觀測法」，可提供不易於岸邊採集或觀察到的較深或水流更急之水域，或是躲藏於石縫中隱蔽性或夜行性底棲魚種，以記錄更完整的中小型淡水魚類相之調查。在野外調查標準作業流程上，建議應至少涵蓋有一完整的潭區或瀨區棲地環境。至少要達到流幅的「30公尺」的範圍上較為客觀。 本方法的缺點，是若在〝水質條件不佳能見度較差〞的水域，則可能無法順利而準確的估算溪流魚類群聚量。

手投網網捕法為在湖沼或溪岸邊的採捕方式，以徒手投擲手投網入潭中採集，以採集獲得不同水體的淡水魚類樣本。 建議本「手投網網捕法」，應選用3分或5分網目為宜，12尺至15尺較為適中。至少要投擲10網次以上，來估算單位河段內的魚類出現總量與密度(individuals/m2)或單位努力魚類捕獲量(individuals/per catch)。 缺點於使用過後，網具耗損度度大，常要保養與修補網具，甚至更換新的網具等。 另外，若是採用放置刺網的方式，但若非不得已，儘可能少用刺網，以期能減少本土魚類採集受傷及死亡的機會。但利用大型網目的流刺網，應該可用於移除水域內的外來魚種群聚。

在魚籠中，放入誘補之餌料，以吸引中小型魚類進入籠具中作採集，以觀測更加完整的湖泊、野塘或是其它的緩流與靜水域之淡水魚類相。 建議本「魚籠誘捕法」，應至少投放達到2小時以上，飼料應於投放誘餌期間，都仍可以保留1/2以上為原則，採獲魚類群聚總組成，可以單位時間魚類捕獲量(individuals/per catch)來呈現。 本方法缺點是對太大型的魚類個體，較不易以此方法做採集。

電魚法是以電力形成電場進行捕捉魚類，背負式電魚法多使用於溪流中上游之可涉水河段，在中下游河段、湖泊與水庫內。電力來源有來自於蓄電池的〝直流電〞與國外較常用之〝交流發電機〞之交流電兩種，採集時由蓄電池或發電機產生電流，經由變壓器，在兩極間產生電流迴路，形成感應電場，經過電場的魚類及受電擊而呈現昏迷之狀態。 建議本「電魚法」，採用電魚器具為於台灣常用的「背負式電魚器」，即可背負於使用者背部運動之電魚器具，包括變壓器線圈組、繼電簧片組、8V (或12V) 之蓄電池、與長 1.5 至 2 公尺之陰極與陽極之電極金屬棒與網圈。在河段中，通常由下游往上游以〝Z〞字型前進，來進行野外調查。 建議採樣區至少涵蓋有一完整的潭區與瀨區棲地環境。至少要達到流幅的「30公尺」的範圍以上較為客觀。電捕時間應達30 mins 以上為宜。進行淡水魚類採集時，可以固定河段長度作為採集範圍，採集時並記錄所使用之採集時間，可以計算出單位時間之魚類捕獲量(individuals/per catch)。或是以採樣範圍單位水域面積的魚類群聚出現密度(individuals/per m2)。 本方法缺點操作危險性，需相當熟悉電魚器具並穿著防電防水褲等裝備，除需一人操作電魚器，以間歇放電儘量降低對魚體之傷害，後方則至少需另一人協助或安全觀察，並且協助撈捕採集剛被電昏之魚隻。